反復自然流產的病因十分復雜，部分患者除染色體異常、內分泌失調、生殖系統結構畸形和感染以外，約有60%-70%患者原因不明。

　　近來研究認為，免疫因素也是一類重要原因，在原因不明的患者中，約有30%的患者與自身抗體產生有關，即可能為自身免疫病，稱為自身免疫性反復自然流產；另外，大約有70%的患者可能與對胎兒父系抗原低反應性有關，稱為同種免疫性反復自然流產。

　　同種免疫性反復自然流產的發生機理。在懷孕的過程中，胚胎可看作是具有父方50%遺傳物質的同種自然移植物，具有同種異體移植及自體移植的雙重特性。胎兒及其附屬物不被母體排斥并可在子宮內發育成熟，母體必須形成免疫耐受，否則將面臨流產的發生。

　　在正常妊娠期，母體的免疫功能發生變化，形成主要由特異性免疫抑制物(封閉抗體、抑制性T細胞)與非特異性因子(雌孕激素、人絨毛膜促性腺激素、人胎盤催乳素、促合成代謝因子、妊娠相關血漿蛋白等)共同組成的免疫維持系統。各種免疫學因素通過有機協調參與維持妊娠。

　　當母體免疫平衡失調的時候，對胚胎的排斥作用增強，這種排斥作用越強，發生流產的可能性就越大，治療的難度也就越大。

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